ケモインフォマティクス ドッキングシミュレーション及び結合自由エネルギー評価【Gypsum-DL/GNINA/Uni-GBSA】
リガンド三次元化に「Gypsum-DL」、ドッキングに「GNINA」、自由エネルギー評価に「Uni-GBSA」を用いることで、オープンソースツールのみで再現可能なSBDDスコアリングパイプラインを構築します。
SBDD
ケモインフォマティクス 
ケモインフォマティクス 膜タンパク質+リガンドのMDシミュレーション【OpenMM】
「OpenMM」を利用して膜タンパク質+リガンドの分子動力学（MD）シミュレーションを行います。MDの実施〜解析で利用したコードは公開中です。
ケモインフォマティクス 電子密度の情報を活用した分子生成モデル【ED2Mol】
創薬向けのOSSである「ED2Mol」をローカル環境で動かしてみたいと思います。ED2Molは、X線結晶構造解析やクライオ電子顕微鏡によって得られる電子密度マップを活用する点が大きな特徴であり、生成された分子の物理化学的妥当性において既存モデルと比較して優れた性能を示しています。
ケモインフォマティクス AIベースのドッキングを動かしてみる【Uni-Mol Docking V2】
創薬向けのOSSである「Uni-Mol Docking v2」をローカル環境で動かします。AIベースのドッキングモデルは2022年に公開されたDiffDockが有名ですが、ベンチマークテストにおいてはDiffDockを超える性能を示す有用なモデルです。