ケモインフォマティクス Grid Inhomogeneous Solvation Theory (GIST) による水解析【OpenMM/AmberTools】
オープンソースソフトウェアを用いて「Grid Inhomogeneous Solvation Theory (GIST)」による水解析を実施します。本記事では、OpenMM と AmberTools を用いて GIST 解析を実施し、タンパク質ポケット中の水の安定性を評価する手順を紹介します。
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ケモインフォマティクス リガンド-タンパク質の相互作用を考慮した分子生成モデル【DiffPharma】
DiffPharmaは、東京科学大学の関島研究室（Masami Sako ら）によって開発された “相互作用制約付きの3D分子生成モデル”です。DiffPharmaを利用するための環境構築と分子生成を試してみたいと思います。
ケモインフォマティクス ドッキングシミュレーション及び結合自由エネルギー評価【Gypsum-DL/GNINA/Uni-GBSA】
リガンド三次元化に「Gypsum-DL」、ドッキングに「GNINA」、自由エネルギー評価に「Uni-GBSA」を用いることで、オープンソースツールのみで再現可能なSBDDスコアリングパイプラインを構築します。
ケモインフォマティクス 事前学習モデルを利用した物性予測【CheMeleon/Chemprop】
事前学習モデルとして「CheMeleon」を利用し、物性予測モデルの構築/評価を行います。CheMelonは、2025年に発表された「分子記述子を利用した教師あり事前学習モデル (descriptor-based pretraining model) 」です。
ケモインフォマティクス 膜タンパク質+リガンドのMDシミュレーション【OpenMM】
「OpenMM」を利用して膜タンパク質+リガンドの分子動力学（MD）シミュレーションを行います。MDの実施〜解析で利用したコードは公開中です。
ケモインフォマティクス 半経験的量子化学計算を用いた特徴量生成【AQME】
AQME (Automated Quantum Mechanical Environments) を使用して物性予測モデル構築用の特徴量を生成します。
ケモインフォマティクス 【CPU vs GPU】コンフォメーション生成/最適化の速度比較【nvMolKit】
創薬向けのOSSである「nvMolKit」の実行環境をローカルマシンに構築します。nvMolKitは、NVIDIA社が開発したRDKit分子操作を高速化するためCUDAベースのライブラリです。CPU・GPUを利用した場合のコンフォメーション生成/最適化の計算速度にどの程度違いが出るかを比較します。
ケモインフォマティクス AIベースのドッキングを動かしてみる【Uni-Mol Docking V2】
創薬向けのOSSである「Uni-Mol Docking v2」をローカル環境で動かします。AIベースのドッキングモデルは2022年に公開されたDiffDockが有名ですが、ベンチマークテストにおいてはDiffDockを超える性能を示す有用なモデルです。
ケモインフォマティクス リード最適化向けの機械学習モデルを動かしてみる【DeepFrag】
創薬向けのOSSである「DeepFrag」をローカル環境で動かしてみたいと思います。
ケモインフォマティクス 薬理活性情報が紐付いた化合物データを取得する【ChEMBL webresource client】
TeachOpenCADDのチュートリアル（T001）を参考に、公共データベースであるChEMBLからComputer-Aided Drug Design（CADD）の勉強/練習用の化合物データを取得します。