ケモインフォマティクス 膜タンパク質+リガンドのMDシミュレーション【OpenMM】
「OpenMM」を利用して膜タンパク質+リガンドの分子動力学（MD）シミュレーションを行います。MDの実施〜解析で利用したコードは公開中です。
CUDA
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ケモインフォマティクス 【CPU vs GPU】コンフォメーション生成/最適化の速度比較【nvMolKit】
創薬向けのOSSである「nvMolKit」の実行環境をローカルマシンに構築します。nvMolKitは、NVIDIA社が開発したRDKit分子操作を高速化するためCUDAベースのライブラリです。CPU・GPUを利用した場合のコンフォメーション生成/最適化の計算速度にどの程度違いが出るかを比較します。
ケモインフォマティクス 電子密度の情報を活用した分子生成モデル【ED2Mol】
創薬向けのOSSである「ED2Mol」をローカル環境で動かしてみたいと思います。ED2Molは、X線結晶構造解析やクライオ電子顕微鏡によって得られる電子密度マップを活用する点が大きな特徴であり、生成された分子の物理化学的妥当性において既存モデルと比較して優れた性能を示しています。
環境構築 DockerのインストールとGPU利用環境構築【Ubuntu22.4】
計算科学系オープンソースの環境構築において仮想化のシステムは非常に重宝されています。本記事では、環境の提供手段としてよく利用されているDockerのインストール方法と、Docker環境でGPUを利用できるようにするまでの方法を紹介します。
環境構築 CUDA Toolkitのインストールとconda環境でのバージョン指定
CUDA Toolkitのインストール方法とconda環境でバージョンを指定して利用する方法を紹介します。深層学習フレームワークではGPUでの計算が可能ですが、利用するためには「CUDA Toolkit」が必要です。環境構築の参考になれば幸いです。