ケモインフォマティクス ファーマコフォアのクエリ作成と検索を試してみる【Pharmit】
Pharmitは、ファーマコフォアベースのバーチャルスクリーニングをサポートするOSSです。今回は、ローカル環境へのPharmitの導入し、クエリ作成および類似度検索を行い操作感を試してみたいと思います。
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ケモインフォマティクス リード最適化向けの機械学習モデルを動かしてみる【DeepFrag】
創薬向けのOSSである「DeepFrag」をローカル環境で動かしてみたいと思います。
ケモインフォマティクス 薬理活性情報が紐付いた化合物データを取得する【ChEMBL webresource client】
TeachOpenCADDのチュートリアル（T001）を参考に、公共データベースであるChEMBLからComputer-Aided Drug Design（CADD）の勉強/練習用の化合物データを取得します。
環境構築 DockerのインストールとGPU利用環境構築【Ubuntu22.4】
計算科学系オープンソースの環境構築において仮想化のシステムは非常に重宝されています。本記事では、環境の提供手段としてよく利用されているDockerのインストール方法と、Docker環境でGPUを利用できるようにするまでの方法を紹介します。
環境構築 CUDA Toolkitのインストールとconda環境でのバージョン指定
CUDA Toolkitのインストール方法とconda環境でバージョンを指定して利用する方法を紹介します。深層学習フレームワークではGPUでの計算が可能ですが、利用するためには「CUDA Toolkit」が必要です。環境構築の参考になれば幸いです。
ケモインフォマティクス Mol2vecのインストールとAmes予測への利用【2025年2月現在】
Mol2vecのインストール方法と機械学習への利用方法を紹介します。Mol2vecは自然言語処理で化合物空間の特徴を学習する教師なし学習アルゴリズムです。学習後のモデルは化合物の特徴量を抽出する目的で利用できます。
環境構築 Minicondaを用いたPython3実行環境の構築【Ubuntu 22.04】
Minicondaを用いたPython3の実行環境構築方法をご紹介します。想定するOSはUbuntu 22.04です。各操作がどういったことを行っているのかについても説明しているので他OSでもMiniconda導入の参考になれば幸いです。