MMPA用のオープンソースWebアプリケーション【Matcher】

創薬向けOSS「Matcher」をローカル環境に実装します。

実行環境

Matcher は、Merck社が公開しているオープンソースの MMPA（Matched Molecular Pair Analysis）用 Web アプリケーションです。

バックエンドにはRDKitベースのmmpdbを利用し、化合物構造とプロパティから置換ルールや差分統計を生成します。

ユーザーはブラウザ上で直感的にMMPを検索・可視化でき、SAR解析やリード最適化の判断を支援します。

Dockerを用いたローカル実装に対応しており、研究室や企業内で独自データを安全に活用できるのが大きな利点です。

Githubの記載に従って、Dockerを用いた環境構築を行います（Dockerの導入方法は割愛します）。

まずはリポジトリをローカル環境にクローンしましょう。

cd (任意のディレクトリ)
git clone https://github.com/Merck/matcher.git

次に、バックエンドに利用されているサブモジュールを反映させます。リポジトリのディレクトリへ移動して、以下のコマンドを実行しましょう。

cd matcher
git submodule update --init --recursive

これで、backend/mmpdb の中身（matcher-mmpdb）がローカル環境にもコピーされました。

私の環境（2025年10月現在）では、フロントエンドの環境においてnumpyとpandasのバージョン競合が確認されました。

こちらを解消するために、frontend/requirements.txt にnumpyのバージョンを指定する記述を追加しました。

echo "numpy==1.23.5" >> frontend/requirements.txt

最後に、以下のコマンドでコンテナを起動します。

docker compose build --no-cache
docker compose up

上手くいった場合、ブラウザ上で「http://localhost:8000」を入力するとWebアプリが起動します。

コマンドライン上でdocker composeが起動している状態であれば、Webアプリをいつでも利用可能です。

バックグラウンドで起動したい場合は、control+C でジョブを終了した後に以下のコマンドを実行しましょう。

docker compose stop
docker compose up -d

創薬向けのOSS「Matcher」をローカル環境に実装しました。

今回のようなデフォルトの起動では、クイックスタート用のデータ（ChEMBL由来の1089個）が検索対象になります。

任意のデータを利用するためには、mmpdbを利用してデータベースを作成する必要があるのでご注意ください。