ケモインフォマティクス ファーマコフォアのクエリ作成と検索を試してみる【Pharmit】
Pharmitは、ファーマコフォアベースのバーチャルスクリーニングをサポートするOSSです。今回は、ローカル環境へのPharmitの導入し、クエリ作成および類似度検索を行い操作感を試してみたいと思います。
ケモインフォマティクス
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ケモインフォマティクス リード最適化向けの機械学習モデルを動かしてみる【DeepFrag】
創薬向けのOSSである「DeepFrag」をローカル環境で動かしてみたいと思います。
ケモインフォマティクス 薬理活性情報が紐付いた化合物データを取得する【ChEMBL webresource client】
TeachOpenCADDのチュートリアル（T001）を参考に、公共データベースであるChEMBLからComputer-Aided Drug Design（CADD）の勉強/練習用の化合物データを取得します。
ケモインフォマティクス Mol2vecのインストールとAmes予測への利用【2025年2月現在】
Mol2vecのインストール方法と機械学習への利用方法を紹介します。Mol2vecは自然言語処理で化合物空間の特徴を学習する教師なし学習アルゴリズムです。学習後のモデルは化合物の特徴量を抽出する目的で利用できます。